Οι περισσότερες κύστεις που εμφανίζονται σε γυναίκες αναπαραγωγικής ηλικίας είναι λειτουργικές κύστεις. Υποχωρούν φυσιολογικά μέσα σε 3 μήνες, αν και μπορεί να προκαλέσουν επιπλοκές.
Εάν η κύστη δεν σπάσει ή προκαλέσει αιμορραγία, είναι απαραίτητη η χειρουργική αντιμετώπιση.
Η θεραπεία μπορεί να συνίσταται στη χορήγηση φαρμάκων που συρρικνώνουν την κύστη, μη στεροειδών αντιφλεγμονωδών φαρμάκων και παυσίπονων.
Όταν οι κύστεις υποτροπιάζουν, χορηγούνται αντισυλληπτικά χάπια για την πρόληψη της ωορρηξίας και του σχηματισμού νέων κύστεων.
Όταν υπάρχει υποψία καρκίνου, διενεργείται συχνά λαπαροσκόπηση για την αφαίρεση των κύστεων.
Η χειρουργική αφαίρεση περιλαμβάνει την αφαίρεση της κύστης μέσω μιας τομής και τη λήψη δείγματος για βιοψία ώστε να αποκλειστεί ο καρκίνος.